seqkit 软件根据序列ID删除指定的序列

001、 单个删除

(base) [root@pc1 test1]# ls

a.fa

(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试文件

>chr1

tttcccggg

>chr2

tttgggjjj

cccjjjjjj

>chr3

ccc

>chr4

aaaaatt

(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -p "chr1" a.fa ## 删除chr1

>chr2

tttgggjjjcccjjjjjj

>chr3

ccc

>chr4

aaaaatt

(base) [root@pc1 test1]# ls

a.fa

(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta

>chr1

tttcccggg

>chr2

tttgggjjj

cccjjjjjj

>chr3

ccc

>chr4

aaaaatt

(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -p "chr2" a.fa ## 删除chr2

>chr1

tttcccggg

>chr3

ccc

>chr4

aaaaatt

(base) [root@pc1 test1]# ls

a.fa

(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta

>chr1

tttcccggg

>chr2

tttgggjjj

cccjjjjjj

>chr3

ccc

>chr4

aaaaatt

(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -p "chr4" a.fa ## 删除chr4

>chr1

tttcccggg

>chr2

tttgggjjjcccjjjjjj

>chr3

ccc

002、批量删除

(base) [root@pc1 test1]# ls

a.fa rm.list

(base) [root@pc1 test1]# cat a.fa ## 测试fasta

>chr1

tttcccggg

>chr2

tttgggjjj

cccjjjjjj

>chr3

ccc

>chr4

aaaaatt

(base) [root@pc1 test1]# cat rm.list ## 删除列表

chr2

chr4

(base) [root@pc1 test1]# seqkit grep -v -f rm.list a.fa ## 删除命令

[INFO] 2 patterns loaded from file

>chr1

tttcccggg

>chr3

ccc

友情链接:
Copyright © 2022 86年世界杯_世界杯预选赛阿根廷 - fjyfzz.com All Rights Reserved.